З метою чіткого визначення та документального закріплення переліку обов’язкових для виконання працівниками функцій і завдань, а також прав та відповідальності, в НМК ПТО у м. Києві успішно функціонують дев’ять відділів:
Розроблено положення про відділи, які визначають структури відділів, підпорядкованість, завдання, функції, види робіт конкретних відділів, характер ділових зв’язків, посадові права та обов’язки керівника відділу.
Такий принцип побудови організаційної структури та формування відділів, що базується на раціональному поділі праці в НМК ПТО у м. Києві сприяв:
‒ ефективному добору, розстановці, результативному використанню персоналу та ефективності діяльності НМК ПТО у м. Києві;
‒ підвищенню персональної відповідальності працівників за результати особистої діяльності та зміцненню виконавської дисципліни;
‒ створенню організаційно-правової бази діяльності працівників;
‒ забезпеченню об’єктивності при атестації працівників, заохоченні або застосуванні дисциплінарних стягнень та запобіганню виникненню трудових спорів.
Штатним розписом НМК ПТО у м. Києві передбачені такі посади: директор, заступник директора з методичної роботи, методисти, головний бухгалтер, бухгалтер, інспектор з кадрів, секретар керівника, завідувач господарством, прибиральник службових приміщень, сторож.